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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
Young-An Bae (Gachon University College of Medicine)
저널정보
대한기생충학열대의학회 Parasites, Hosts and Diseases The Korean Journal of Parasitology Vol.55 No.2
발행연도
2017.4
수록면
175 - 183 (9page)

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Codon usage bias (CUB) is a unique property of genomes and has contributed to the better understanding of the molecular features and the evolution processes of particular gene. In this study, genetic indices associated with CUB, including relative synonymous codon usage and effective numbers of codons, as well as the nucleotide composition, were investigated in the Clonorchis sinensis tyrosinase genes and their platyhelminth orthologs, which play an important role in the eggshell formation. The relative synonymous codon usage patterns substantially differed among tyrosinase genes examined. In a neutrality analysis, the correlation between GC12 and GC3 was statistically significant, and the regression line had a relatively gradual slope (0.218). NC-plot, i.e., GC3 vs effective number of codons (ENC), showed that most of the tyrosinase genes were below the expected curve. The codon adaptation index (CAI) values of the platyhelminth tyrosinases had a narrow distribution between 0.685/0.714 and 0.797/0.837, and were negatively correlated with their ENC. Taken together, these results suggested that CUB in the tyrosinase genes seemed to be basically governed by selection pressures rather than mutational bias, although the latter factor provided an additional force in shaping CUB of the C. sinensis and Opisthorchis viverrini genes. It was also apparent that the equilibrium point between selection pressure and mutational bias is much more inclined to selection pressure in highly expressed C. sinensis genes, than in poorly expressed genes.
#Clonorchis sinensis #tyrosinase #codon usage bias #selection pressure #mutational bias

목차

Abstract
INTRODUCTION
MATERIALS AND METHODS
RESULTS
DISCUSSION
ACKNOWLEDGMENT
REFERENCES

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[학술지(정기간행물)] - Decker H / 2000 / Tyrosinase/catecholoxidase activity of hemocyanins : structural basis and molecular mechanism / Trends Biochem Sci 25 : 392 ~ 397 google schola [학술지(정기간행물)] - Aguilera F / 2013 / Origin, evolution and classification of type-3 copper proteins: lineage-specific gene expansions and loss across the Metazoa / BMC Evol Biol 13 : 96 ~ google schola [학술지(정기간행물)] - Sánchez-Ferrer A / 1995 / Tyrosinase : a comprehensive review of its mechanism / Biochim Biophys Acta 1247 : 1 ~ 11 google schola [학술지(정기간행물)] - Decker H / 2000 / How does tyrosinase work? Recent insights from model chemistry and structural biology / Angew Chem Int Ed Engl 39 : 1591 ~ 1595 google schola [단행본] - Smyth JD / 1983 / The Physiology of Trematodes / Cambridge University google schola

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