Illumina를 이용한16S rRNA 기반 미생물생태분석에서 분변의 동결건조에 의한 인공적인 시퀀스 생성 감소효과

김정만; 운노타쯔야

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자료유형: 학술저널

저자정보: 김정만 (Faculty of Biotechnology, College of Applied Life Science, SARI, Jeju National University) 운노타쯔야 (Faculty of Biotechnology, College of Applied Life Science, SARI, Jeju National University)

저널정보: 한국응용생명화학회 Journal of applied biological chemistry Journal of applied biological chemistry 제59권 제4호

발행연도: 2016.1

수록면: 299 - 304 (6page)

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PCR 산물을 이용한 시퀀싱방법 중 Illumina 플랫폼으로 시퀀싱을 수행하면 100개 이상의 인위적인 시퀀스가 생겨나며, 그러한 인위적으로 형성되는 시퀀스에 의해 Operational taxonomic units를 기반으로 한 미생물생태 변화 및 네트워크 분석에 영향을 미친다. 이러한 문제점이 있음에도 불구하고 분변미생물생태를 분석하는데 Illumina에서 제공하고 있는 시퀀싱을 주된 방법으로 사용하고 있으며, 또한 그러한 시퀀스 기반의 분변미생물 생태분석 결과는 분변샘플상태(i.e., 분변 보관 기간, 분변양, 분변의 신선도)에 따라 상이하게 나타난다. 본 연구에서는 분변샘플의 동결건조가 시퀀스 데이터의 퀄리티를 향상시키는지 관해 조사하였으며, 이를 통해 분변샘플에 동결건조처리는 전체적인 미생물생태구조를 변화시키지는 않지만 인위적으로 형성되었을 가능성이 있는 시퀀스의 수를 감소시키는 것으로 확인되었다. 따라서, 분변으로부터 DNA를 추출하기 이전에 동결건조처리하는 방법을 Illumina 기반의 분변미생물생태분석에 사용하는 것을 권장한다.

#동결건조 #분변미생물생태 #인공적으로 형성된 시퀀스 #일루미나

참고문헌 (22)

참고문헌 신청

안재형 / 2012 / Effects of PCR Cycle Number and DNA Polymerase Type on the 16S rRNA Gene Pyrosequencing Analysis of Bacterial Communities / The Journal of Microbiology 50(6):1071~1074

J. G. Caporaso / 2011 / Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample / Proceedings of the National Academy of Sciences 108(Supplement_1):4516~4522

Cole JR / 2009 / The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis / Nucleic Acids Res 37:D141~D145

Dohm JC / 2008 / Substantial biases in ultra-short read data sets from high-throughput DNA sequencing / Nucleic Acids Res 36:e105

Edgar RC / 2011 / UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection / Bioinformatics 27:2194~2200

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