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Soo Hyun Lee (National Institute of Animal Science) Chang Gwon Dang (National Institute of Animal Science) Mina Park (National Institute of Animal Science) Seung Soo Lee (National Institute of Animal Science) Young Chang Lee (National Institute of Animal Science) Jae Gu Lee (National Institute of Animal Science) Hyuk Kee Chang (National Institute of Animal Science) Ho Baek Yoon (National Institute of Animal Science) Chung-il Cho (NongHyup Agribusiness Group) Sang Hong Lee (University of South Australia) Tae Jeong Choi (National Institute of Animal Science)
저널정보
충남대학교 농업과학연구소 Korean Journal of Agricultural Science Korean Journal of Agricultural Science Vol.49 No.3
발행연도
2022.9
수록면
431 - 440 (10page)

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Hanwoo cattle are a unique and historical breed in Korea that have been genetically improved and maintained by the national evaluation and selection system. The aim of this study was to provide information that can help improve the accuracy of the estimated breeding values in Hanwoo cattle by showing the difference between the imputation reference chip platforms of genomic data and the scaling factor of the genetic relationship matrix (GRM). In this study, nine sets of data were compared that consisted of 3 reference platforms each with 3 different scaling factors (-0.5, 0 and 0.5). The evaluation was performed using MTG2.0 with nine different GRMs for the same number of genotyped animals, pedigree, and phenotype data. A five multi-trait model was used for the evaluation in this study which is the same model used in the national evaluation system. Our results show that the Hanwoo custom v1 platform is the best option for all traits, providing a mean accuracy improvement by 0.1 - 0.3%. In the case of the scaling factor, regardless of the imputation chip platform, a setting of -1 resulted in a better accuracy increased by 0.5 to 1.6% compared to the other scaling factors. In conclusion, this study revealed that Hanwoo custom v1 used as the imputation reference chip platform and a scaling factor of -0.5 can improve the accuracy of the estimated breeding value in the Hanwoo population. This information could help to improve the current evaluation system.
#accuracy #breeding value #chip platform #Hanwoo #scaling factor

목차

Abstract
Introduction
Materials and Methods
Results and Discussion
Conclusion
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