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학술저널
저자정보
Da‑Hye Son (Kangwon National University) Nam‑Hyun Hwang (Kangwon National University) Won‑Hyong Chung (Research Group of Healthcare) Ha‑Seung Seong (Kangwon National University) Hyungbum Lim (Medikinetics Co. Ltd) Eun‑Seok Cho (National Institute of Animal Science) Jung‑Woo Choi (Kangwon National University) Kyung‑Soo Kang (Medikinetics Co. Ltd) Yong‑Min Kim (National Institute of Animal Science)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.42 No.3
발행연도
2020.1
수록면
263 - 272 (10page)

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Background Miniature pigs have been increasingly used as mammalian model animals for biomedical research because of their similarity to human beings in terms of their metabolic features and proportional organ sizes. However, despite their importance, there is a severe lack of genome-wide studies on miniature pigs. Objective In this study, we performed whole-genome sequencing analysis of 20 Micro-pigs obtained from Medi Kinetics to elucidate their genomic characteristics. Results Approximately 595 gigabase pairs (Gb) of sequence reads were generated to be mapped to the swine reference genome assembly (Sus scrofa 10.2); on average, the sequence reads covered 99.15% of the reference genome at an average of 9.6-fold coverage. We detected a total of 19,518,548 SNPs, of which 8.7% were found to be novel. With further annotation of all of the SNPs, we retrieved 144,507 nonsynonymous SNPs (nsSNPs); of these, 5968 were found in all 20 individuals used in this study. SIFT prediction for these SNPs identified that 812 nsSNPs in 402 genes were deleterious. Among these 402 genes, we identified some genes that could potentially affect traits of interest in Micro-pigs, such as RHEB and FRAS1. Furthermore, we performed runs of homozygosity analysis to locate potential selection signatures in the genome, detecting several loci that might be involved in phenotypic characteristics in Micro-pigs, such as MSTN, GDF5, and GDF11. Conclusion In this study, we identified numerous nsSNPs that could be used as candidate genetic markers with involvement in traits of interest. Furthermore, we detected putative selection footprints that might be associated with recent selection applied to miniature pigs.
#Micro-pig · Whole-genome sequencing · Nonsynonymous SNP · Signature of selection · Runs of homozygosity

목차

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Bianco E / 2015 / A deep catalog of autosomal single nucleotIDe variation in the pig / PLoS One 10:e0118867 google schola Bokonyi S / 1974 / History of domestic mammals in Central and Eastern Europe google schola Bosse M / 2012 / Regions of homozygosity in the porcine genome : consequence of demography and the recombination landscape / PLoS Genet 8:e1003100 google schola Buxton P / 2001 / Growth/differentiation factor-5 (GDF-5) and skeletal development / J Bone Joint Surg Am 83-A(Suppl 1):S23~S30 google schola Chen J / 2014 / mTORC1 signaling controls mammalian skeletal growth through stimulation of protein synthesis / Development 141:2848~2854 google schola

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