The complete chloroplast genome of Zoysia japonica Steud. isolated in Korea (Poaceae): investigation of potential molecular markers on Z. japonica chloroplast genomes

이범규; Park Jongsun

doi:10.1007/s11816-021-00708-y

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자료유형: 학술저널

저자정보: 이범규 (전주대학교) Park Jongsun (InfoBoss Inc. and InfoBoss Research Center)

저널정보: 한국식물생명공학회 Plant Biotechnology Reports Plant Biotechnology Reports 제15권 제5호

발행연도: 2021.10

수록면: 707 - 715 (9page)

DOI: 10.1007/s11816-021-00708-y

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Various cultivars of Zoysia japonica Steud. have been developed as genetically modified organisms for commercial purposes. The chloroplast genome was completed to investigate genetic diversity in Z. japonica isolated in Korea. The chloroplast genome of Z. japonica is 135,884?bp long (GC ratio is 38.4%) and has four subregions: 81,378?bp of large single copy (36.3%) and 12,582?bp of small single copy (32.7%) regions are separated by 20,962?bp of inverted repeat (44.1%) regions includ- ing 130 genes (83 protein-coding genes (PCGs), eight rRNAs, 38 tRNAs, and one pseudogene). 68 SNPs and 24 INDEL regions were identified from the two Z. japonica chloroplast genomes, similar to those of Z. matrella. 12 SNPs located in PCGs can be good candidates for developing molecular markers of Z. japonica. Based on nucleotide diversity analysis, atpB/ rbcL, rpl16/rps3, and rpl32/trnL regions exhibited the high nucleotide?diversity, which can be used for developing species- specific marker sequences to distinguish their species. Phylogenetic analysis presented that two Z. japonica and Z. sinica were clustered together, indicating that they have been used for developing cultivars of Z. japonica.

#Zoysia?japonica #Zoysiagrass #Chloroplast genome #Poaceae #Intraspecific variations #Molecular markers

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Bae TW / 2008 / Environmental risk assessment of genetically engineered herbicide-tolerant Zoysia japonica / J Environ Qual 37:207~218

Baek J / 2021 / The complete chloroplast genome of Chrysanthemum zawadskii Herbich (Asteraceae) isolated in Korea / Mitochondrial DNA B Resour 67:1956~1958

Baek J / Comprehensive comparisons of the completemitochondrial genomes of Glycyrrhiza uralensis Fisch (Fabaceae): investigation of intraspecific variationson mitochondrial genome

Cai H / 2004 / An AFLP-based linkage map of Zoysiagrass (Zoysia japonica) / Plant Breed 1236:543~548

Carneiro de Melo Moura C / 2019 / Integrating DNA barcoding and traditional taxonomy for the identification of dipterocarps in remnant lowland forests of Sumatra / Plants 8:461

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