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자료유형
학술저널
저자정보
Hong-Sik Kong (Hankyong National University) Yoon-Seok Lee (Department of Biotechnology Hankyong National University)
저널정보
한국동물유전육종학회 Journal of Animal Breeding and Genomics Journal of Animal Breeding and Genomics Vol.7 No.2
발행연도
2023.6
수록면
25 - 35 (11page)

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This study aims to enhance the accuracy of genome selection for economic traits in Korean native cattle through the identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in microRNA sequences associated with lipid metabolism. We assembled and mapped the Hanwoo genome using whole-genome sequencing data from the NCBI's Sequence Read Archive and the National Institute of Animal Science. This allowed us to discover a total of 25,982,458 variants (21,795,577 SNPs and 4,186,881 Indels). Annotation revealed that a significant number of these variants were located in intergenic and intronic regions, while others were found to alter the DNA, creating amino acid substitutions, premature stop codons, or silent mutations. A high proportion of variants were observed in the protein coding regions and miRNA, with 24 and 74,205 variants identified in Impact_LOW and Impact_MODIFIER, respectively. In addition, we identified 18 putative miRNAs that were differentially expressed in subcutaneous and intramuscular fat tissues. Especially, bta-mir-143 and bta-mir-145 were highly expressed in intramuscular fat tissue. These results could support the impact on the potential regulatory roles of miRNAs in bovine adipogenesis, and could prove beneficial for improving the accuracy of Hanwoo breeding programs.
#Korean native cattle #MicroRNA #Single nucleotide polymorphism #Whole-genome sequence #Lipid metabolism

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