Lactiplantibacillus plantarum K9 유전체 분석을 통해 필수 물질대사 경로의 탐색

김삼웅; 김영진; 최효인; 이상원; 지원재; 방우영; 김태완; 방규호; 갈상완

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저자정보: 김삼웅 (경상국립대학교) 김영진 (경상국립대학교) 최효인 (경상국립대학교) 이상원 (경상국립대학교) 지원재 (국립생물자원관) 방우영 (국립생물자원관) 김태완 (경상국립대학교) 방규호 (경상국립대학교) 갈상완 (경상국립대학교)

저널정보: 한국생명과학회 생명과학회지 생명과학회지 제34권 제7호

발행연도: 2024.7

수록면: 465 - 475 (11page)

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Lactiplantibacillus plantarum K9은 굼벵이에서 분리된 다양한 생리활성물질에 기인하여 프로바이오틱스 균주로 활용 가능한 유산균이다. L. plantarum K9 유전체 분석결과로써 박테리아 염색체와 3 plasmid가 존재하는 것으로 나타났다. L. plantarum K9의 핵심 대사경로 분석 결과 해당과정, 오탄당대사(pentose phosphate pathway)는 정상적으로 수행되는 것으로 나타났다. 그러나 포도당신생합성과 ED pathway의 핵심 효소인 fructose-1,6-bisphosphatase (EC: 3.1.3.11)와 6-phosphogluconate dehydratase (EC: 4.2.1.12) / 2-keto-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase (EC: 4.2.1.55)가 각각 결여되어 있기 때문에 포도당신생합성과 ED pathway는 수행하지 못하는 것으로 제의된다. 또한, TCA 회로에서 fumarate 및 malate를 형성하는 일부 효소만 존재하는 반면에 나머지 TCA 회로에 연관되는 효소들이 모두 결여되어 있었기 때문에 TCA 회로는 진행되지 못하는 것으로 추정되었다. 산화적 전자전달계는 NADH dehydrogenase complex I과 cytochrome reductase complex IV에 해당하는 요소들을 보유하고 있기 때문에 class IIB 타입(bd-type)의 전자전달시스템을 수행할 것으로 예측되었다. 종합적으로, L. plantarum K9은 lactic acid 동형발효를 수행하며, 포도당신생합성 및 오탄당대사가 가능하며, class IIB 타입(bd-type) 산화적 전자전달시스템에 의해 에너지 대사를 수행하는 것으로 제의된다. 따라서, L. plantarum K9은 다른 유산균주에 비교하여 lactic acid 생성량이 비교적 높아 생리활성도가 우수할 것으로 제의된다. 다른 한편으로, L. plantarum K9은 산화적 전자전달이 가능한 것으로 추정되어 산소에 대한 내성이 높아서 배양 특성이 양호하여 프로바이틱스로써 활용가능성이 높은 것으로 제의된다.

Lactiplantibacillus plantarum K9 is a probiotic strain that can be utilized from various bioactive substances isolated from Protaetia brevitarsis seulensis larvae. In this study, a genetic analysis of L. plantarum K9 revealed the existence of a bacterial chromosome and three plasmids. The glycolysis pathway and pentose phosphate pathway were examined for their normal functioning via an analysis of the core metabolic pathways of L. plantarum K9. Since the key enzymes, fluctose-1,6-bisphospatase (EC: 3.1.3.11) and 6-phosphogluconate dehydratase (EC: 4.2.1.12)/2-keto-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase (EC: 4.2.1.55), of gluconeogenesis and the ED pathway were not identified from the L. plantarum K9 genome, we suggest that gluconeogenesis and the ED pathway are not performed in L. plantarum K9. Additionally, while some enzymes, related to fumarate and malate biosyntheses, involved in the TCA cycle were identified from L. plantarum K9, the enzymes associated with the remaining TCA cycle were absent, indicating that the TCA cycle cannot proceed. Meanwhile, based on our findings, we propose that the oxidative electron transport system performs class IIB-type (bd-type) electron transfer. In summary, we assert that L. plantarum K9 performs homolactic fermentation, executes gluconeogenesis and the pentose phosphate pathway, and carries out energy metabolism through the class IIB-type oxidative electron transport system. Therefore, we suggest that L. plantarum K9 has relatively high lactic acid production, and that it has excellent antibacterial activity, as a result, compared to other lactic acid bacterial strains. Moreover, we speculate that L. plantarum K9 has an oxidative electron transport capability, indicating that it is highly resistant to oxygen and suggesting that it has fine cultivation characteristics, which collectively make it highly suitable for use as a probiotic.

#Central metabolic pathway #gene ontology #genome #homology #Lactiplantibacillus plantarum

참고문헌 (22)

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Anraku, Y. 1988. Bacterial electron transport chains. Ann. Rev. Biochem. 57, 101-132.

Conway, T. 1992. The Entner-Doudorodd pathway: history, physiology and molecular biology. Microbiol. Rev. 103, 1-28.

Horecker, B. L. 2002. "The pentose phosphate pathway". J. Biol. Chem. 277, 47965-47971.

Horecker, B. L., Smyrniotis, P. Z. and Seegmiller, J. E. 1951. "The enzymatic conversion of 6-phosphogluconate to ribulose-5-phosphate and ribose-5-phosphate". J. Biol. Chem. 193, 383-396.

Jeong, D. Y. 2020. Lactobacillus plantarum SRCM100442 species isolated from stools of Korea infants. NCBI GenBank (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/).

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