비쥬얼 프로그래밍 환경을 이용한 Escherichia coli의 동적 거동 예측

Lee, Sung-Gun; Hwang, Kyu-Suk; Kim, Cheol-Min

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저자정보: Lee, Sung-Gun (Department of Chemical Engineering, College of Engineering, Pusan National University) Hwang, Kyu-Suk (Department of Chemical Engineering, College of Engineering, Pusan National University) Kim, Cheol-Min (Department of Biochemistry, College of Medicine, Pusan National University)

저널정보: 한국생물정보시스템생물학회 한국생물정보시스템생물학회 심포지엄 한국생물정보시스템생물학회 2004년도 The 3rd Annual Conference for The Korean Society for Bioinformatics Association of Asian Societies for Bioinformatics 2004 Symposium

발행연도: 2004.1

수록면: 39 - 49 (11page)

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When there is a lack of detailed kinetic information, dFBA(dynamic flux balance analysis) has correctly predicted cellular behavior under given environmental conditions with FBA and different ial equations. However, until now, dFBA has centered on substrate concentration, cell growth, and gene on/off, but a detailed hierarchical structure of a regulatory network has not been taken into account. For this reason, the dFBA has limited the represen tation of interactions between specific regulatory proteins and genes and the whole transcriptional regulation mechanism with environmental change. Moreover, to calculate optimal metabolic flux distribution which maximizes the growth flux and predict the b ehavior of cell system, linear programming package(LINDO) and spreadsheet package(EXCEL) have been used simultaneously. thses two software package have limited in the visual representation of simulation results and it can be difficult for a user to look at the effects of changing inputs to the models. Here, we descirbes the construction of hierarchical regulatory network with defined symbolsand the development of an integrated system that can predict the total control mechanism of regulatory elements (opero ns, genes, effectors, etc.), substrate concentration, growth rate, and optimal flux distribution with time. All programming procedures were accoplished in a visual programming environment (LabVIEW).

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이 논문의 저자 정보

Lee, Sung-Gun

소속기관 Department of Chemical Engineering, College of Engineering, Pusan National University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 1

Hwang, Kyu-Suk

소속기관 Department of Chemical Engineering, College of Engineering, Pusan National University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 1

Kim, Cheol-Min

소속기관 Busan Genome Cente, College of Medicine, Pusan National University

주요연구분야 자연과학 > 생물학 의약학 > 임상의학 > 내과학

논문수 4 이용수 23

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