납세자가 과세관청의 과세처분에 대해서 불복을 제기한 결과 법원이 과세관청이 세목이나 소득구분 등과 같은 세법상의 평가를 잘못하였다는 이유로 해당 과세처분이 위법하다고 판단을 하였는데, 정작 올바른 과세가 이루어져야하는 다른 세목에 대해서는 이미 부과제척기간이 도과하였다면, 과세관청이 해당 조세판결을 이유로 다른 세목에 대하여 특례제척기간을 적용할 수 있는지가 문제가 된다. 이 쟁점에 대해서 종전의 확고한 대법원 판례는 ‘과세단위’는 과세처분의 본질적인 요소라는 전제하에, 과세관청은 선행 조세판결 등을 이유로 다른 과세단위에 대해서는 특례제척기간을 적용할 수 없다는 입장에 있었다. 그러나 이러한 대법원 판례에 대해서는 비판적인 견해들도 다수 존재하였고, 입법자는 이러한 비판적인 견해를 수용하여 국세기본법 개정을 통해 특례제척기간의 적용 범위를 점차 넓혀왔다. 보다 구체적으로 입법자는, 2016년에는 ‘다른 과세기간’에 대해서도 특례제척기간을 적용할 수 있도록 하였으며, 2017년에는 후발적 경정청구의 적용 범위와 동일하게 특례제척기간의 적용 범위를 넓혔고, 2021년에는 드디어 명시적으로 ‘다른 세목’에 대해서까지 특례제척기간을 적용할 수 있도록 하였다. 즉 다른 세목에 대한 특례제척기간과 관련된 국세기본법 개정의 역사는 종전의 확고한 대법원 판례를 무력화시키는 과정이라고 요약할 수 있는 것이다. 그러나 이러한 입법 개정에도 불구하고 여전히 해석론의 관점에서 불분명한 점들이 다수 존재하는 상황임에도 이러한 부분들에 대해서는 현재 연구가 이루어지지 않은 상황이다. 이 글은 국세기본법의 전통적인 주제를 기존과는 다소 다른 관점에서 살펴볼 필요가 있다는 문제의식을 바탕으로 일본, 미국, 독일의 입법례 등을 참조하면서 2021년 개정 전 국세기본법의 체계에서는 ‘해석론’의 관점에서는 다른 세목에 대해서 특례제척 기간을 적용할 수 없다고 이해하는 것이 타당하다는 점을 밝혔다. 그리고 이 글은 2021년 입법개정에도 불구하고 여전히 불분명한 점이 존재하여 향후 논란이 될 수 있는 쟁점들에 대해서 논하였다. 특히 입법자는 2022년에 국세기본법을 재차 개정하여 기간과세를 전제하지 않는 세목에 대해서는 다른 세목에 대해서 특례제척기간(또는 후발적 경정청구)을 적용할 수 없게 되었는데 이러한 결과는 타당하지 않다는 점, 후발적 경정청구에 관한 현행의 국세기본법의 문언은 기존의 체계에 부합하지 않으므로 개정의 필요성이 있다는 점 등에 대하여 논하였다. 마지막으로 이 글은 그 과정에서 특례제척기간의 쟁점과 관련하여 조세소송 실무상 흔히 발생하고 있는 법원의 ‘조정권고(또는 사실상의 조정)’를 특례제척기간의 관점에서 어떻게 논해야 하는지에 대해서도 다루고자 하였다.
When the court decides the taxation disposition of tax authority was unlawful as even though taxpayer’s tax liability still exists but the tax authority’s judgements regarding tax item classification is wrong, the issue is whether the tax authority can apply mitigation provision to other proper tax item on the ground of the that verdict, if the statute of limitations of disposition for other proper tax item has already lapsed. With regard to this issue, the previous Supreme Court precedents held that, under the premise that a tax item or tax unit is an essential element of a taxation disposition, the tax authority is not entitled to apply mitigation provision to other tax items. However, there have been many critical views on such Supreme Court precedents, and the congress has accepted such critical views by gradually expanding the scope of application of mitigation provision amending the Framework Act on National Taxes. More specifically, the congress allowed the application of mitigation provision to the “other taxation periods" in 2016, and expanded the scope of mitigation provision again in 2017 to be the same as that of ex post facto claims for rectification. And finally, in 2021, the congress has explicitly applied the mitigation provision to "other tax items." In other words, the history of amending the Framework Act on National Taxes, which pertains to the mitigation provision for other tax items, can be summarized as a process of incapacitating the previous firm Supreme Court decisions. However, despite such legislative amendments, there are still many unclear points from the perspective of legal interpretation, but no research has been conducted on these parts. Based on the awareness of the need to look at the traditional theme of the Framework Act on National Taxes from a somewhat different perspective from the past, the article which cited legislative cases in Japan, the U.S., and Germany, stated that it is reasonable to understand that the mitigation provision cannot be applied to other tax items under the Framework Act on National Taxes before the amendment in 2021. In addition, this article discussed issues that could be still controversial after 2021 amendment. For example, the outcome of 2022 re amendment which allows tax authorities to apply the mitigation provision (or ex post facto request for rectification) to tax items that are premised on periodic taxation is unreasonable. Lastly, this article also addressed how to discuss the “recommendation for reconciliation (or de facto conciliation)" of tax courts, which is common in tax litigation practices, in relation to the issue of the mitigation provision from the perspective of the statute of limitations.