이 글은 공익법인이 공익활동을 보다 적극적으로 할 수 있는 과세제도의 개선방안을 제시하는데 그 목적이 있다. 이를 위해 공익법인 과세제도의 의의와 현황, 공익법인 과세제도상 문제점을 살펴본 후, 구체적인 개선방안을 모색하였다. 공익법인은 비영리법인 중 공익을 목적으로 하는 법인을 말한다. 세법상 공익법인은 공익법인법상 공익법인을 포함한 보다 넒은 의미로 쓰인다. 2017년 기준 사업목적별 공익법인 가동 법인수는 34,426개이다. 이러한 공익법인에 대해서는 국세와 지방세상 다양한 혜택과 협력의무가 부여되어 있지만, 이 중 다음과 같은 과세상 문제를 갖고 있다. 현행 공익법인 과세제도에 대해서는 ⅰ) 공익법인을 중심으로 단일화된 체계적인 구조가 아니고 복잡하다는 점, ⅱ) 투명성확보와 관련된 가산세 부담이 과중하다는 점, ⅲ) 세제혜택까지 고려하는 다양한 기부자의 의사를 제대로 반영하지 못하고 있다는 점, ⅳ) 공익법인을 통한 경영권 지배에 대해서 세제상 취급이 일관되지 않다는 점 등을 문제점으로 지적할 수 있다. 이러한 문제점 개선과 관련해서는,ⅰ) 세법상 공익법인에 대해서는 국세기본법에서 이를 정의하고 개별세법상 차이나는 부분은 소득세법, 법인세법, 상속세 및 증여세법, 부가가치세법 등 개별세법에서 별도로 정리하는 방안, ⅱ) 상속세 및 증여세법상 외부회계감사의무 공익법인의 범위를 현재 총자산 100억 원 이상에서 120억 원으로 개정하고 교육법인과 종교법인을 포함하는 것으로 개정하는 방안, ⅲ) 다양한 기부자의 의사반영을 위해 부담부증여에 따른 양도소득세의 과세이연 인정, 증여세 추징을 소득세로 전환, 기부금의 세액공제에서 소득공제로 전환 등 법제도의 구체적 개선, ⅳ) 일부 출연재산을 공익목적사업으로 의무적으로 지출하게 하는 제도의 적극적인 활용 등을 고려할 수 있다.
This paper aims to suggest improvement plans of taxation system to promote more active public interest activities of public-service corporations. For this study, the significance and the present status of public-service corporation taxation system and problems of public-service corporation taxation system were investigated and specific improvement plans were explored. Public-service corporation refers to a nonprofit corporation for public interests. Under tax law, public-service corporation has wider meanings, including those under public-service corporation legislation. In 2017, there were 34,426 public-service corporations with different business purposes in operation. These public-service corporations receive various national tax and local tax benefits and have a duty to cooperate, but there are some taxation problems as follows. The current public-service corporation taxation system ⅰ) is complicated, not an united, systematic structure focusing on public-service corporations, ⅱ) imposes heavy additional tax burden for transparency, ⅲ) does not reflect many different voices of subscribers properly, and ⅳ) does not acknowledge the rule of management rights through public-service corporations, consistently. In order to improve these problems, ⅰ) the Basic Law for National Taxes needs to clearly define public-service corporations under tax law, and differences among individual tax systems, such as the Income Tax Law, the Corporate Tax Act, the Inheritance Tax and Gift Tax Act, and the Value-Added Tax Act should be resolved separately, ⅱ) there is a need to expand the range of public-service corporations’ obligation of an external audit under Inheritance Tax and Gift Tax Act from 10 billion won or over to 12 billion won, and educational corporations and religious corporations should be included, ⅲ) it is required to acknowledge a tax deferral of transfer income taxes caused by conditional donation in order to reflect various opinions of subscribers, change gifted taxes imposed to income taxes, and change tax credit of contributions to income deduction, and ⅳ) there is a need to actively use the system to ask public-service corporations to pay some of contributed properties obligatorily for public utilities.